WindowsPC
最初的iPod只兼容於運行於MacOS9或MacOSX的Macintosh電腦，但從2002年7月17日開始，蘋果電腦開始銷售兼容Windows的iPod，內置硬盤格式化為FAT32以取代Mac專用的HFS+。[2]蘋果電腦在2003年10月16日推出Windows版的iTunes[3]；此前，Windows用戶需要第三方的軟件，如MusicmatchJukebox（推出Windows版iTunes前，包含在Windows版iPod中）、ephPod或XPlay以管理他們在iPod上的音樂。
最新一代的帶底座版iPod取消了Mac/Windows版的區別；所有iPod在附運時格式化為Macintosh格式，用戶在購買後可以把它重新格式化為Windows格式使用。iPod的硬盤格式化為HFS+格式只能在Macintosh上操作，因為Windows不能訪問HFS+，但自從Macintosh可以處理FAT32，被格式化為FAT32的iPod可以同時在Macintosh和Windows上操作。HFS+可以為儲存數據提供多一點空間，而可以讓iPod在Mac上作為啟動磁盤。
在2004年1月8日，惠普宣佈它們從蘋果電腦獲得授權，製造惠普品牌的數碼音樂播放器，並口頭稱為HPod。由惠普當時的董事長和CEO卡莉·費奧莉娜在2004年消費性電子展公佈基於iPod的新款藍色設備。但藍色的iPod並沒有成為真正的產品，現在HP的版本與蘋果電腦的iPod相同，以「AppleiPod+HP」的名義銷售。此款的零售商包括（尤其是）零售巨擘沃爾瑪等，對此產品有一個免責聲明：它不能使用它自己的在線音樂服務。
Linux和UNIX
iPodLinux計劃成功使ARM版本的Linux運行在iPod上。計劃當前支持一至三代的iPod，並提供MacOSX和Windows上的簡易安裝器。SourceForge計劃為此計劃存在[4]，並有大量的使用說明出現在網上。
iPod使用標準的USB和火線作為大容量儲存器的連接，並因此任何支持大容量儲存器的系統都能把它作為外置硬盤裝載和使用。iPod可以使用任何的USB端口提供的電源充電，不需要軟件的支持。一個特殊的數據庫文件提供列出當前播放歌曲的，但是用戶必須使用iTunes的軟件才能上傳歌曲。到2005年，只有gtkpod提供類似的功能給Linux和其它不同版本的UNIX。蘋果電腦並沒有發佈Linux版本的軟件以刷新iPod上的固件。 |
